管理科学与工程管理科学与工程学科（前身为系统工程）1985年（与本校自动控制学科联合）被批准设立博士后流动站，1995年被评为上海市重点学科，1998年独立建立该学科博士后流动站，2002年被评为国家重点学科。流动站现有教授17人（其中博士生导师15人）。十多年来，承担完成了包括国家、省部委、上海市等各类科研项目200余项；在国内外公开学术刊物上发表论文600余篇，出版专著16本；获得国家、省部级的科技进步奖20余项。工商管理工商管理学科于2003年被批准设立博士后流动站，现有博士生导师24人。2013流动站承担了国家及国务院各部门项目3项、国家自然科学（社会科学基金）18项和其它项目共计79项，先后获省部级奖共12项。工商管理学科点是我国管理学科高级人才培养的重要基地之一。应用经济学2012年被批准设立博士后流动站。所涉及的主要研究领域有金融学、产业经济学、农业经济学、国际贸易学、数量经济学、区域经济学等。拥有中国经济研究中心、产业组织与技术创新研究中心、现代金融研究中心、现代金融工程研究中心、上海交通大学Smith实验经济学研究中心等研究机构。