1. 理论上，毛文龙官并不比袁崇焕大。明朝官制以文驭武，袁崇焕督师蓟辽兼任辽东巡抚、登莱巡抚，节制赵率教、祖大寿、毛文龙三总兵（镇将），毛文龙东江镇受登莱巡抚节制，妥妥的是袁崇焕下属。崇祯二年六月，双岛斩毛文龙后，袁崇焕在给朝廷的奏疏中说的很清楚，“倘镇将中再有如毛文龙者，亦以是法诛之！” 也就是说，今后，其它总兵中如再有像毛文龙这样违法犯纪的，照杀不误。崇祯的批复是：“事关封疆安危，阃外原不中制，一切处置事宜，仍听相机行事。”
2. 自崇祯元年始，毛文龙暗通东奴，与皇太极书信往来，密约他“尔取山海关，我取山东，两下夹击，则大事可济矣。” 又于崇祯元年8月、崇祯二年四月，两次不奉明诏，擅离信地，称兵内向，兵犯登莱，其时，毛文龙实已黑化为时刻危胁大明安危的一条海上恶龙。故此，袁崇焕才不顾风险，深入虎穴，一举铲除了这个隐患。
斩杀毛文龙后，朝中大臣对袁崇焕此举盛赞有加，可见其意义非常，如：
御史方大任上疏：“......职及接崇焕诛文龙一揭，观其杯酒而斩入军跋扈之臣，片言而抚数万睚眦之卒，虽古将何以加旃，始信崇焕果为豪杰矣！罪帅伏诛于俄顷，敌人可期于荡平，乞敕崇焕乘机斟酌进取，亟复全辽......”
如，御史刘养粹上疏：“......臣见督师袁崇焕一举，未尝不壮其气，而嘉其谋矣！今海外之宿瘤已消，岛中之区画宜定......”
如，御史毛九华上疏：“盖闻阃外之权，将军制之，苟利社稷，专之可也。督师袁崇焕欲复辽土，欲用东江，先诛跋扈不轨之毛文龙，此一举也，诚所谓斩蛟龙宫，探子虎穴。督师不折一兵，不亡一镞，轻裘缓带，谈笑而诛逆帅，庶法纪肃，而国是定矣。 ”
如，山西巡抚耿如杞去信：“......自宁远却贼，天下始知有张（巡）、许（远）。自海外跋扈大帅诛，天下始知有班仲升、傅介子（西汉勇士和著名外交家，斩杀楼兰王）。”
......

关于毛文龙的罪责，崇祯的圣旨也说的很清楚：“毛文龙悬据海上，开镇有年，以牵制为名，全无功效；劝降献捷，欺诳朝廷；糜饷冒功，频违朝命，且刚愎自用，不受节制，近又提兵进登（州），索饷要挟，咆哮跋扈，逆形显著；且通夷有迹，犄角无资，兼碍掣肘！”
其中，“欺诳朝廷、不受节制，近又提兵进登（州）、逆形显著、且通夷有迹” 这几条说的再明白不过了。

崇祯元年7月，袁崇焕平台召对，向崇祯做出了“五年复辽”的承诺，为了实现此目标，袁崇焕自上任伊始，便开始积极准备，先是平定了宁远兵变，又整顿关宁兵马，合关外宁锦为一镇，编练骑兵五部，共计十五营；打造兵甲、器械；更重要的是要 收服东江，以使其听从号令，配合关宁作战，使关宁与东江两军，一出辽西，一出辽南，一正一奇，夹攻后金，以实现自己“五年复辽”的战略目标。
然而，袁崇焕却看到毛文龙这一年来的罪行：先是，崇祯元年7月的“阔科事件”，毛文龙与后金的勾搭事发，虽案情扑朔迷离，一时还难以定论，但自古人臣无外交，毛文龙私通后金一事，不能不引起袁崇焕的高度警觉；元年八月，毛文龙不奉明诏，以“漂风”为名，一犯登莱；二年四月，更是派遣战舰四十余艘，耀武扬威，劫掠登莱沿海，更胆大妄为，扣押登莱道王廷式于庙岛，口出狂言说，“莫道牧马登州，就是取南京亦易如反掌尔。” 后王廷式逃归，到宁远告了他毛文龙一状。
至此，毛文龙罪行累累，叛逆之心已昭然若揭。袁崇焕作为蓟辽督师，肩负着复辽重任，倘若此时还对毛文龙放任不管，听之任之，那便是将大明的安危置于危险境地，是严重渎职！一旦毛文龙勾结后金作乱，两面夹击大明，毛文龙或与后金合攻北京，或南下去取南京，不要说崇祯一朝能撑十七年，只怕他十年也不一定撑的到了

故此，袁崇焕以迅雷不及掩耳之势斩毛文龙于俄顷，乃是实实在在为大明清除了一颗定时炸弹。其意义正如当时的
兵科给事中宋鸣梧题本中说的那样：...总兵毛文龙，越居皮岛，志怀跋扈，两窥登州，疏语悖诞；按之则恐激叛，听之则实养口，今督师袁崇焕奉皇上威灵，立斩此弁，隐忧涫矣。

臣为辽官，分为督师下属

【毛文龙光辉语录】
夫臣（毛文龙）为辽官，分为督臣（袁崇焕）下属
督臣（袁崇焕）节制东镇之法固善。
关宁东江原是一家一事，督臣与臣安是一身一心，指示自然追逐，法令自然遵行。

袁崇焕节制关外，受尚方宝剑，受勒谕，受便宜行事，听相机行，杀个骄横跋扈不受节制，就连和袁督师见面后也是监核，定营伍，受节制一概不从，狂言取南京入反掌，屠杀汉人朝鲜百姓-斩首上奏，祸乱属国，冒饷糜功，报功斩首杀后金军人数67000人等于后金有生力量总和，2次率军泛海登莱，谎称因风飘至，公然劫掠明官衙，私开边市，外贸生意风生水起，光自曝拖欠过往客商的欠款就达到208万两，交结内侍，以及与皇太极首鼠两端的【卖g信】的下属毛文龙，有什么问题嘛？

袁崇焕深知，毛文龙手握重兵，又身处要地，一旦作乱，为祸不小，必须当机立断，予以清除；然而毛文龙辇金中外，眼线遍布京城，如先上报朝廷，此事必泄，到那时，非但不能消除祸患，还会立时激变，那毛文龙便会是第二个安禄山，故此，袁崇焕只有果断出手，深入虎穴，一举铲除毛文龙，才使一场危机化于无形

山海关赵率教：总兵官+左都督（和毛文龙一模一样）
辽西祖大寿：总兵官+右都督
难道楼主以为他们两个官职都比袁崇焕高？

理论上都是扯淡，事实就是，杀了毛文龙后关外粮食降价了，从4银1石降到1银1石，用屁股想想是谁在关外炒高粮价吸了辽饷近八成的血。

万历就有边费10成，入严嵩俯6,贵米贱银，以克扣军饷的记载。而关宁一个精兵的精甲不过几十两，也都还是袁时还有的穿。而熊廷弼上任时甚至说关宁军全是破衣烂鞋，而京城达官们穿的是造价几万两的金丝软甲，食朝廷俸禄的哪来的钱买那些东西，袁只是要求皮岛设置监军，毛文龙为何如此抗拒，这不明摆着见不得光么，换成李世民，这毛文龙早就被李世民自己捏死了，哪还需要别人出手

别把崇祯想的太好了，己巳之变崇祯还欠着辽军的军饷没发。
要不是偶然看着《崇祯长编》有人说，我还不知道这件事情。
本来说是去京师入援后发。
然后借议饷为名把袁崇焕给抓了。

崇祯那一朝当老赖，好久了。

袁杀毛文龙，在这个吧的人，都搞不明，我告诉你，
杀毛文龙，是崇祯与内阁指使的，袁死后，毛文龙还是汉奸罪臣。
《崇祯长编》：壬申谕兵部朕以边事付督师袁崇焕阃外军机听以便宜从事乃岛帅毛文龙悬军海上开镇有年以牵制为名全无功效剿降献捷欺诳朝廷器甲刍粮蠹耗军国而且刚愎自用节制不受近乃部署多兵来登索饷跑嚣跋扈【显着逆形】。
崇祯二年六月十八日，奉圣旨：毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，【且通夷有迹】，犄角无资，掣肘贫碍。卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照勒谕行，仍听相机行。 《恭报岛帅逆形昭著机不容失便宜正法谨席藁待罪仰听圣裁》
“原任东江游击周文煌疏请毛文龙恤典，戊申，吏部奏言：『皇上命汰冗员，臣以为莫先於清廕。两京三品以上及疆埸大吏例廕其子，念其祖父劳勩也；乃父兄罪削，子弟恩廕如故。夫廕以酬劳臣，非恤罪臣也。宜命验封司清核，以杜侥幸』。上是之，夺毛文龙世廕，毛云龙除名。”——《崇祯实录》