中苏海军对战初期，东北海军也曾有斩获东北江防舰队倾巢出动，派出了“江亨”、“江泰”、“江平”、“江安”、“江通”、“利捷”、“利绥”和“利济”号炮舰及武装驳船“东乙”号，但都是吨位近2百吨的小艇，总排水量堪堪2千吨；苏联方面则出动“雪尔诺夫”(旗舰)、“列宁”、“杜洛斯基”、“克拉士诺芝纳锦”和“别得诺达”号炮艇及1艘武装轮船、3艘小型巡江艇，总排水量近5千吨，还有25架飞机助战。1929年10月12日，苏军在航空兵和舰炮火力支援下发动突然袭击。不过东北海军早有准备，提前将“东乙”号藏在苏军必经之路的芦苇浅滩中，在船上放置2门大炮并预先测准距离，故战事一开，“东乙”号立即开炮，一举击中包括“雪尔诺夫”号旗舰在内的4艘军舰，苏军的舰队司令、参谋长和旗舰舰长等多人当场阵亡，“雪尔诺夫”号当场沉没。

东北海军最终成为历史不过，几个小时后局面立即翻转，苏军利用中方舰艇防空能力差的弱点，派出大批飞机飞临战场，“利捷”、“江平”、“江泰”、“江安”“东乙”号相继被炸沉。半个月后苏军强行登陆时，“利绥”、“利川”“江亨”号等军舰和大批商船、拖船相继自沉以阻塞航道。至11月中旬苏军占领满洲里，战争宣告结束时，东北江防舰队几乎损失殆尽。至此，东北海军还有两支海防舰队。1931年“九·一八”事变后,东北全境沦陷,残存的全部江防舰艇被日寇接收,后来交给伪满州国成立松花江警备舰队。1937年7月7日全面内战爆发后，为了堵塞长江航道江阴段，原属东北海军的“海圻”、“海琛”号2艘大型军舰于1937年9月15日自沉；3个月后，“镇海”、“同安”、“定海”、“楚豫”、“永翔”、“江利”、“海鹤”、“海燕”号8艘舰艇也自沉于青岛水道；“海鸥”、“海清”、“海骏”、“海蓬”号4艘炮艇自沉于刘公岛水道。从此，东北海军成为历史。