阿那克萨戈拉是一个典型的爱奥尼亚哲学家，为理性主义者。他主张地球是一个圆柱体，相信天体和地球的性质大体上是同样的，否认天体是神圣的和主张“精神”(nous)是生命世界的变化及动力来源。      他把一切运动都归之于心灵或灵魂的作用。      他认为太阳是一块烧得又红又热的石头，比希腊大不了多少。他很仔细的观测过天象，认为月亮和行星也和地球一样，月亮上面也有山和居民。他是第一个提出月光是日光的反射的人，也是第一个用月影盖着地球和地影盖着月亮的见解来说明日食和月食的人。
     阿那克萨戈拉深受伊奥尼亚学派唯物主义思想影响，但他又不满足于用某一种具体物质或元素作为万物本原的主张，因为这不能解决一和多的关系问题。他提出了自己的种子说，认为“种子”有各种不同的性质，数目无限多，体积无限小，是构成世界万物的最初元素；种子具有各种形式、颜色和气味，它们的结合构成了世界上千差万别的事物，头发是由头发的种子、血是由血的种子、金子是由金子的种子构成的，所谓事物的产生和消灭实际上是种子的结合和分离；各种不同的种子不是孤立地独立存在，而是混合在一起的，由种子构成的世界中的一切事物也不是彼此孤立的，没有一件东西能绝对与其他的东西分开，热不能与冷分开，白不能与黑分开，所以热能变成冷，白雪能变成浊水，从吃的食物中能长出头发、血管、肌肉等等；事物性质的区别完全取决于该事物占优势的种子的性质；由于种子是无限的，它们的结合和分离也是无限的，因而事物性质和种类的变化也就无穷无尽。