剧情基本上一样，内部是未知的加强版，包括未知所有剧情的同时加了一点内容比如机甲，还有叛军之类的敌人

网路上资料是写内部敌人比未知敌人多了基地防守战的剧情。不过我只玩过内部敌人，不晓得真实性。

未知敌人是原版，内部敌人多了人类敌人exalt ，会随机活动为玩家造成各种破坏。可以在秘密行动里花费资金扫描提前防范，如果提前扫出exalt的活动基地并打掉（所有秘密行动都需要预先派一名特工渗透，渗透完成要派大部队接应，不然渗透失败，特工会直接挂掉）那么接下来二十多天exalt会转为隐藏行迹状态，所有基地停止活动，不会搞破坏也无法被扫描。同时玩家会得到一条exalt总部位置的线索，当提示“有足够证据可以指控某国隐藏exalt总部”就可以搜索exalt总部并开展任务，打掉总部后exalt势力不再出现在游戏中。
玩家新增科技实验战术，可以制造死神弹药等物品。机械实验室可以改造半机械士兵，需要穿戴特别的MEC机械外装才能投入战场。机械改造士兵不可基因改造和灵能开发

剧情活动上内部敌人多了几个剧情任务，都是直接指定派出的，名字固定。例如“跳板行动”系列，堪称新手噩梦的渔村任务，还有一个可以固定获得四名灵能士兵的水坝—救人任务。