STK3直接结合并抑制GSK-3β 本研究发现STK3通过与GSK-3β发生直接相互作用，抑制其激酶活性，并诱导其泛素化降解，从而解除了GSK-3β对细胞增殖和侵袭的抑制作用。 1. 预测阶段：计算机模拟结合 为了探究STK3与GSK-3β之间是否存在直接相互作用，研究人员使用了最新的AlphaFold 3 智能结构预测模型。预测模型显示，STK3与GSK-3β的N端区域具有紧密的亲和力。特别值得注意的是，这个结合区域包含了GSK-3β的关键失活磷酸化位点——Ser9（图1f）。这强烈提示STK3可

RatioWorks™ PH165 NHS酯是一种新型荧光探针，可用于活细胞内pH值的精确检测。该探针具有pH依赖性荧光光谱特性，其独特的双激发（497nm/578nm）和双发射（594nm/654nm）设计使其成为活细胞分析的理想比率式pH检测工具。 一、RatioWorks™ PH165 NHS酯参数 Ex(nm) 463 Em(nm) 461 分子量 581.51 溶剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存，避光防潮 二、RatioWorks™ PH165 NHS酯实验流程要点 1.偶联反应： 将 RatioWorks PH165 NHS ester 与您的目标蛋白/抗体在 pH 8.0-9.0 的缓冲液（如碳酸盐缓冲

钙离子检测探针Cal-520ER 钾盐是研究内质网钙信号的一把“精密手术刀”，适用于在单细胞水平进行高时空分辨率的机制研究。Cal-520ER 钾盐与内质网腔内的游离钙离子结合后，其荧光强度会显著增强（通常可达100倍以上）。通过测量荧光强度的变化，可以相对或绝对地反映内质网钙库的充盈程度和动态释放/摄取过程。 在您选择和使用前，请务必确认： 实验目的： 您是否真的需要特异性监测内质网钙，而不是总胞浆钙？ 技术能力： 您的实验室是否具

BAPTA-AM 和 EGTA是钙离子螯合剂家族中著名的两个成员，但因其化学和动力学特性的根本差异，在生物学研究中有着截然不同的应用场景。BAPTA系列用于探测和缓冲快速的、动态的细胞内钙信号；而EGTA主要用于在体外或细胞外控制稳态的、缓慢变化的钙浓度。百萤生物带您了解它们的不同之处。 关键差异详解与使用选择 1. 动力学差异：速度决定一切 BAPTA = “闪电侠”：其分子结构中的氨基与螯合位点直接通过苯环相连，刚性结构能“瞬间”捕获或释放Ca

Indo-1 AM是与 Fura-2 齐名的经典比率计量探针，但工作原理不同。 它是一种比率计量型的荧光钙离子指示剂，用于检测和量化活细胞内的游离钙离子浓度。Indo-1 AM 是 Indo-1 的乙酰氧基甲酯衍生物。这种化学修饰使其从亲水性变为亲脂性，从而能够被动扩散穿过细胞膜进入活细胞。本文主要从Indo-1AM参数，工作原理等方面做了介绍。 一、参数 Ex(nm)330 Em(nm)404 分子量 1009.91 溶剂 DMSO 存储条件 在零下15度以下保存, 避免光照 二、工作原理（关键特点） Indo-1 的

Cal-630 AM 是一种用于检测活细胞内钙离子（Ca²⁺）浓度的高性能荧光探针。它是经典探针如 Fluo-3 AM 和 Fluo-4 AM 的升级版，具有更长的发射波长和更优异的性能。“AM” 酯使探针分子具有电中性并疏水，可以轻松穿透活细胞的细胞膜。 一．Cal-630 AM参数 Ex(nm) 609 Em(nm) 626 分子量1282.89 溶 剂 DMSO 储存条件 在-15℃以下保存，避光防潮 运输方式 顺丰包邮 二．适用仪器 荧光显微镜 Ex:Texas Red 滤波片组 Em：Texas Red 滤波片组 推荐孔板:黑色透明底板 荧光酶标仪 Ex:6

《J Exp Clin Cancer Res》解读：FASN通过USP5棕榈酰化调控GPX4去泛素化抑制乳腺癌中的铁死亡 乳腺癌（BC）是全球女性中最常见的恶性肿瘤。尽管在检测和治疗方面取得了进步，但乳腺癌仍然是一个严峻的挑战，仍然是导致疾病发病率和死亡率的主要原因。铁死亡一直被视为乳腺癌治疗中的一种潜在的“灵丹妙药”。众多研究报道了其重要作用，不仅作为“杀手”本身，还作为化疗和免疫疗法的增强剂。然而，尽管这些有希望的发现仍然存在，但铁死亡的分

用DNA取代传统的电脑元器件储存、读取信息有诸多缺点，那如果用其他长链+挂坠式的高分子有机化合物呢？

师兄师姐们，帮帮我😭 目前我在做Alphafold3的本地部署。他要用学术邮箱申请参数。我申请了，但对方没有回复。（等了一周了）该怎么办，有没有大佬教教😱【图片】

《Nat Commun》解读| 分子互作机制 SCARB2通过竞争性结合MYC调控其与HDAC3的互作及功能 本研究系统地阐清了SCARB2、MYC和HDAC3三者之间的相互作用关系，揭示了SCARB2作为MYC与HDAC3互作调控因子的新机制。 第一步：发现并验证SCARB2-MYC-HDAC3三元复合物通过IP-MS分析，发现转录因子MYC和组蛋白去乙酰化酶HDAC3是膜蛋白SCARB2的潜在相互作用蛋白。 Co-IP实验证实了三者之间的两两相互作用：MYC与SCARB2存在相互作用。MYC与HDAC3存在相互作用。SCARB2与HDAC3的互作关系也得到确

如何确定TAK1与OTUD5相互作用？ OTUD5通过去泛素化TAK1负调控足细胞炎症与损伤的机制探究 本研究旨在探究去泛素化酶OTUD5在足细胞炎症和糖尿病肾病（DKD）中的潜在作用机制。其核心发现是鉴定并验证了关键炎症调节蛋白TAK1是OTUD5的新型相互作用蛋白与潜在底物。 研究分为两个关键步骤： 第一步：筛选与鉴定OTUD5的潜在底物蛋白 研究策略： 作为去泛素化酶（DUB），OTUD5通过去除底物蛋白上的泛素链发挥作用。为了寻找其潜在的底物，研究者首先采用了

异源表达一个基因，载体用的PXMJ19，一种穿梭质粒，表达的这个基因是跨膜酶，转化之后发酵不清楚能不能表达怎么办

有没有靠谱的质谱检测公司可以送测的

泛素连接酶TRIM25通过K48连接的多泛素化降解途径调控ITPKB蛋白稳定性 本研究通过一系列严谨的功能实验和生化分析，完整地证实了泛素连接酶TRIM25是调控ITPKB蛋白稳定性的关键上游因子。其分子机制在于：TRIM25直接介导ITPKB蛋白上第793和818位赖氨酸（K）发生K48连接的多泛素化修饰，从而将其靶向至蛋白酶体进行降解。这一通路的失常是导致TMZ耐药细胞中ITPKB蛋白异常累积的核心原因。 基于前期发现（TRIM25与ITPKB相互作用，且此相互作用在耐药环境下减

ABLIM1调控IκBα/NF-κB通路的具体分子机制。 1. 发现ABLIM1加速IκBα的降解： 研究人员使用蛋白合成抑制剂放线菌酮（CHX）追踪蛋白稳定性，发现ABLIM1过表达会显著缩短IκBα蛋白的半衰期，即加速其降解。这提示ABLIM1可能参与了IκBα的降解过程。 2. 提出科学假设： 通过对ABLIM1蛋白的结构域分析，发现其包含的LIM结构域在结构上类似于具有E3泛素连接酶活性的RING和PHD结构域。因此，研究团队推测：ABLIM1可能作为一种E3连接酶，直接与IκBα相互作用，并促进

如何确定蛋白质的泛素化修饰位点？ 泛素化是一种关键的蛋白质翻译后修饰，参与调控蛋白质降解、信号转导、DNA修复等多种细胞进程。确定蛋白质上具体的泛素化修饰位点（通常是赖氨酸残基，Lysine, K）是理解其功能调控机制的关键一步。以下是一种结合生物信息学预测和分子生物学实验验证的经典策略。 二、 分步详解 1. 生物信息学预测：缩小筛选范围直接在数百个赖氨酸位点中进行盲筛工作量巨大且不现实。因此，首先使用在线预测工具进行

泛素化修饰类型与靶蛋白特异性修饰位点 本文概述了在细胞生物学研究中，为阐明某个特定蛋白质（底物）的泛素化修饰特征所采用的一套经典、系统且严谨的实验方法。该策略主要分为两大环节：一是鉴定泛素链的连接类型，二是精确定位底物蛋白上的具体修饰位点并验证其功能。 一、 鉴定泛素化修饰类型 泛素分子本身拥有7个主要的赖氨酸（K）位点（K6, K11, K27, K29, K33, K48, K63），这些位点可以连接形成不同拓扑结构的泛素链，从而介导不同的下

《Advanced Science》解读：蛋白分子互作。MISP 通过 MST1/2 激酶促进NSCLC中 YAP 的激活 Hippo信号通路已成为一个关键的癌症信号网络。其中，MST1/2 对 YAP/TAZ 活性至关重要。目前尚不清楚癌症中 MST1/2 的活性是如何降低的。了解其肿瘤抑制活性是如何受到调节的，将有助于拓展在Hippo 信号通路中靶向 MST1/2 用于癌症治疗的潜力。 2025年4月，同济大学/中国科学技术大学研究人员合作在Advanced Science（IF=14.1）上发表了题为“MISP Suppresses Ferroptosis via MST1/2 Kinases to Facil

《Adv Sci》解读：HuProt™蛋白芯片筛选抗癌化合物结合蛋白！冬凌草乙素稳定KEAP1-PGAM5抑制肝癌进展 肝细胞癌（HCC）是一种与慢性肝病和肝硬化密切相关的原发性肝脏恶性肿瘤。目前，免疫治疗和化疗是HCC患者最好的治疗选择，但大多数HCC患者在手术切除或消融后复发。因此，迫切需要更有效的治疗选择，而分子靶向治疗是一种很有前景的方法，可以提供更好的结果，降低全身毒性，减少副作用。 2024年8月，广州中医药大学研究团队在Advanced Science（IF=1

《J Exp Clin Cancer Res》解读：NONO 与核 PKM2 互作并介导组蛋白 H3 磷酸化促进三阴性乳腺癌转移 三阴性乳腺癌（Triple-negative breast cancer, TNBC）是一种不表达雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体2（HER2）的乳腺癌亚型。具有恶性程度高、易转移、预后差等特点。目前，由于缺乏特异性和有效的治疗靶点，TNBC的治疗手段极为有限，导致患者生存期较短，严重威胁女性的身心健康。因此，深入探索TNBC的发病机制以及开发新的治疗策略，已

AlphaFold3：预测转录因子与靶基因启动子互作 直奔主题，先上应用总结： 优点：利用AlphaFold3预测转录因子蛋白与靶基因启动子DNA互作，目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具，会让互作机制研究会更容易些，make it easier，和我们公司的服务理念一致。建议结合其他生信分析网站，如JASPAR、hTFtarget等网站（干实验数据），或充分整合自己项目的ChIP-Seq互作组数据（湿实验数据），进行初步分析，然后再用AlphaFold3进行预测验证，将会提高

AARS1 是一种直接利用乳酸作为供体的蛋白质乳酸转移酶 本研究揭示了氨酰-tRNA合成酶家族成员AARS1的一项新功能：它能够直接利用乳酸作为供体，催化蛋白质的乳酸化修饰。具体机制可分为以下关键步骤： 1.乳酸与 AARS1 催化口袋的结合： 分子对接模拟预测乳酸可以轻松结合到AARS1的催化口袋中（图1a）。 等温滴定量热法 (ITC) 实验直接验证了乳酸与AARS1的结合（图1b）。 2.AARS1 被确定为乳酸转移酶： 体外乳酸化实验证明，AARS1能够以依赖于乳酸和ATP的方

NPC1调控TGF-β通路，不依赖其胆固醇转运功能 第一步，NPC1调控TGF-β通路 为了研究NPC1促进HCC进展的机制，对NPC1敲除后的细胞进行蛋白质组学分析。差异表达蛋白通路富集分析显示，NPC1敲低显著抑制HCC细胞中TGF-β通路（图1a-b）。TGF-β通路与上皮-间质转化和癌细胞侵袭转移密切相关。 第二步，SMAD2/3激活是NPC1调控的促进HCC转移的关键途径 Western blot检测显示过表达NPC1增加TGFBR1、p-SMAD2和p-SMAD3蛋白水平，敲减NPC1则相反（图1c-d）。细胞学功能实验显示，NPC1

《Nat Commun》解读：蛋白质互作-竞争性结合-免受泛素化修饰降解！NPC1控制TGFBR1的稳定性，促进肝细胞癌的进展 肝癌在世界范围内发病率不断上升，是全球第六大最常见的恶性肿瘤，其死亡率在癌症中排名第三。肝细胞癌（HCC）是原发性肝癌最常见的形式，约占所有肝癌病例的90% 。HCC复发率高和生存期有限，现有的临床治疗效果不理想。因此，迫切需要深入研究推动HCC进展的分子机制，以发现创新和有效的诊断生物标志物和药物靶 点，为治疗提供途

AKT如何增强蛋白稳定性？ AKT磷酸化TRPML1-S343位点增强其稳定性以促进溶酶体胞吐 第一步：筛选调控TRPML1的上游激酶 通过644种激酶抑制剂文库筛选调控癌细胞溶酶体胞吐的关键通路，发现：PI3K/AKT抑制剂对溶酶体胞吐的抑制效果最显著。激活AKT可增强溶酶体胞吐（图1a-c），提示AKT是核心调控分子。 第二步：AKT正向调控TRPML1蛋白丰度 过表达AKT1 显著升高 TRPML1蛋白水平。敲减或抑制AKT 显著降低 TRPML1蛋白水平。上述操作均不影响 TRPML1 mRNA表达（图1d-f），

ARIH1-PHB1-Akt调控轴介导线粒体转位机制 ARIH1（E3泛素连接酶）通过泛素化修饰PHB1（抗增殖蛋白1），增强PHB1与激酶Akt的相互作用，诱导Akt对PHB1的T258位点磷酸化，最终驱动PHB1转位至线粒体，调控线粒体功能。 一、 ARIH1间接促进PHB1-Akt复合物形成 1.实验验证：过表达ARIH1显著增加PHB1与Akt的结合（免疫共沉淀检测）；敲低ARIH1则削弱两者互作（图1a）。 2.关键结论：ARIH1虽不直接结合Akt，但通过调控PHB1泛素化，充当PHB1-Akt互作的分子桥梁（图1b）。 二、PHB1泛

ChIP-Seq检测注意事项 ChIP-Seq（染色质免疫沉淀测序）用于研究蛋白质（如转录因子、组蛋白修饰）与DNA的相互作用，其成功依赖于严格的实验设计、抗体质量及数据分析策略。 一、实验设计与样本准备 1.实验组别与生物学重复必需设置：实验组与对照组（如阴性IgG对照），每组至少3个生物学重复，减少个体差异导致的假阳性。 交联处理：细胞收集前需进行甲醛交联（固定蛋白-DNA复合物），交联时间需优化（通常5-15分钟），避免过度交联影响染色质

《Adv Sci》解读：泛素化修饰增强分子互作及其与磷酸化修饰协同蛋白易位！E3泛素连接酶ARIH1调控结直肠癌进展的机制 结直肠癌（CRC）仍然是全球最常见的恶性肿瘤之一，尽管出现了靶向治疗和免疫治疗等新疗法，但晚期结直肠癌患者的预后仍然很差，复发和转移是结直肠癌患者死亡的主要原因。因此，研究结直肠癌进展和转移的基本机制，探索具有前瞻性的生物标志物来指导临床诊断和改善治疗是至关重要的。 2025年4月，南京医科大学团队在Advanced

（1）TRIB3通过调控EGFR受体的内吞循环参与稳定性调控 TRIB3引发EGFR蛋白稳定性的现象比较容易探究，可通过慢病毒介导的TRIB3敲减或过表达，构建肺癌细胞系模型，通过qPCR和Western Blot验证两者的调控关系。项目的关键点是TRIB3如何影响EGFR的蛋白稳定性。影响蛋白稳定性的途径主要包括自噬途径和蛋白酶体降解途径。EGFR作为细胞膜蛋白，主要体现在内吞介导的内体（endosome）循环自噬降解或泛素化修饰降解。余娇娇博士通过EGF配体处理细胞，通过免疫荧

《Adv Sci》解读：HuProt™蛋白芯片筛选抗癌化合物结合蛋白！冬凌草乙素稳定KEAP1-PGAM5抑制肝癌进展 肝细胞癌（HCC）是一种与慢性肝病和肝硬化密切相关的原发性肝脏恶性肿瘤。目前，免疫治疗和化疗是HCC患者最好的治疗选择，但大多数HCC患者在手术切除或消融后复发。因此，迫切需要更有效的治疗选择，而分子靶向治疗是一种很有前景的方法，可以提供更好的结果，降低全身毒性，减少副作用。 2024年8月，广州中医药大学研究团队在Advanced Science（IF=1

一篇稿子的命运，质量是录用的前提；而外审的客观评价，则是影响稿子录用的关键因素。外审认为孺子可教，那就会录用，外审认为朽木不可雕，那就不会录用，就是这么简单。 所谓的关系稿，和直投稿，道理是相通的。关系稿能加快或一定程度影响外审直接认为孺子可教，这并不完全客观，有主观干预成分。而直投，则需要寻找到认为孺子可教的杂志和外审，劣势在于需要更多时间，而优势也很明显，则是客观公正公开。 去伪寻真，不造神话，

USP19在K525位点催化NEK9 K48链的去泛素化 第一步，USP19过表达抑制NEK9降解 探讨USP19表达对内源性NEK9蛋白稳定性的影响。蛋白质合成抑制剂环己亚胺（CHX）处理后，USP19过表达抑制NEK9降解，而USP19沉默加速NEK9降解（图2a-b）。 第二步，USP19使NEK9去泛素化，增加其蛋白稳定性 试图确定USP19对NEK9泛素化的影响。Co-IP分析发现，过表达USP19 WT，而不是C607S突变体，降低NEK9的泛素化；同时，USP19敲低增加细胞内NEK9泛素化水平（图2c-g）。表明USP19通过去泛素化调节NEK9

《JCI》解读：肿瘤乳酸化修饰与泛素化修饰对抗！丙烯酰tRNA合成酶AARS1乳酸化修饰YAP复合体促进信号传导 肿瘤即使在含氧量正常的情况下，也会利用糖酵解作为能量代谢的主要来源，这种Warburg效应，促使肿瘤细胞具有丰富的乳酸代谢特征。肿瘤乳酸的促癌机制，是肿瘤靶点开发的重要内容。 2024年3月，同济大学、复旦大学及安徽科技大学等多单位合作在J Clin Invest（IF=13.3）上，发表“The alanyl-tRNA synthetase AARS1 moonlights as a lactyltransferase to promote YAP signali

《JCI》解读：肿瘤乳酸化修饰与泛素化修饰对抗！丙烯酰tRNA合成酶AARS1乳酸化修饰YAP复合体促进信号传导 肿瘤即使在含氧量正常的情况下，也会利用糖酵解作为能量代谢的主要来源，这种Warburg效应，促使肿瘤细胞具有丰富的乳酸代谢特征。肿瘤乳酸的促癌机制，是肿瘤靶点开发的重要内容。 2024年3月，同济大学、复旦大学及安徽科技大学等多单位合作在J Clin Invest（IF=13.3）上，发表“The alanyl-tRNA synthetase AARS1 moonlights as a lactyltransferase to promote YAP signali

鼻咽癌（NPC）是一种影响头颈部的癌症。目前，化疗是局部晚期鼻咽癌（LA-NPC）患者的标准方案。然而，约10%的鼻咽癌患者出现化疗耐药，导致预后不理想。因此，阐明化疗耐药的分子机制至关重要。 2024年7月，中山大学唐玲珑和赵银团队在Adv Sci（IF=14.3）上，发表“DCAF7 Acts as A Scaffold to Recruit USP10 for G3BP1 Deubiquitylation and Facilitates Chemoresistance and Metastasis in Nasopharyngeal Carcinoma”的研究成果，发现DCAF7在体外和体内促进鼻咽癌细胞的顺铂耐药和转移。 图

慢性肾脏病(CKD)相关血管钙化是终末期肾病患者的常见并发症，其发病率随肾功能恶化显著升高。研究证实，血管钙化患者的心肌梗死、心力衰竭及外周动脉疾病风险较普通人群升高3-5倍，心血管死亡率提升2-3倍，是CKD患者死亡的首要原因。寻找CKD血管钙化的分子机制有助于开发对应的靶向治疗策略。 2025年4月，山东大学齐鲁医院心内科与重症医学科团队联合在J Clin Invest.（IF=13.3）上发表了题为“TRIB3 mediates vascular calcification by facilitating self-ubiquitination

《Nat Commun》解读：SCARB2如何激活MYC转录？ 📌 Step 1：SCARB2调控MYC乙酰化修饰的关键位点！ → 实验发现：过表达SCARB2能显著提升MYC蛋白的乙酰化水平（图1d）！ → 质谱锁定靶点：MYC的K148和K326位点乙酰化被SCARB2富集！ → 突变体验证：K148R突变后，SCARB2无法提升乙酰化（图1e）→ K148是核心开关！ 💡 划重点：SCARB2专宠MYC-K148位点，为后续辅因子“铺路”！ 📌 Step 2：SCARB2的助攻搭档竟是HDAC3？ → 筛查乙酰化酶/去乙酰化酶：p300、HDAC3、SIRT1等均可能影响M

一、筛选与circCFL1的互作蛋白分子HDAC1 为了阐明circCFL1对TNBC影响的潜在分子机制，进行RNA pull down实验，对显著富集的55 kD蛋白进行质谱分析（图1a），发现HDAC1是circCFL1的高潜蛋白（图1b）。分子对接显示circCFL1与HDAC1蛋白存在物理结合（图1c）。 二、确定circCFL1与HDAC1存在互作 FISH和IF检测发现circCFL1和HDAC1在细胞核中共定位（图1d）。RNA pull down-WB实验证实circCFL1和HDAC1相互作用（图1e）。 三、确定circCFL1与HDAC1结合的特定区域 首先，基于RNAfold预测的circCFL1茎

UBE2C通过阻断SNAT2与NEDD4L相互作用，促进SNAT2 K59残基上的单泛素化，从而阻止K63连接的K33多泛 素化。 图1 第一步，确定SNAT2单泛素化和多泛素化位点 MS泛素化分析表明，UBE2C过表达升高SNAT2 59位点赖氨酸泛素化，而降低其33位点赖氨酸泛素化（图2a）。构建SNAT2 K59R和SNAT2 K33R突变体进行Co-IP分析，发现SNAT2 K59R显著抑制了UBE2C介导的SNAT2单泛素化（图2b），表明SNAT2在K59残基上被单泛素化；SNAT2 K33R突变阻断了K63连锁的多泛素化（图2c），表明SNAT2在K33残基上被多

铁死亡是一种由大量脂质过氧化物积累所驱动的调节性细胞死亡方式，与肿瘤发病密切相关，其调控机制尚不清楚。因此，深入理解肿瘤细胞抵抗铁死亡的分子机制，将为肿瘤治疗提供新策略。 2024年4月，武汉大学医学研究院、教育部免疫与代谢前沿科学中心、中南医院以及泰康生命医学中心团队在PNAS杂志上，发表“USP8-governed GPX4 homeostasis orchestrates ferroptosis and cancer immunotherapy”的研究成果。该研究揭示了USP8通过稳定谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）来抵

circCFL1直接与HDAC1互作 一、筛选与circCFL1的互作蛋白分子HDAC1 为了阐明circCFL1对TNBC影响的潜在分子机制，进行RNA pull down实验，对显著富集的55 kD蛋白进行质谱分析（图1a），发现HDAC1是circCFL1的高潜蛋白（图1b）。分子对接显示circCFL1与HDAC1蛋白存在物理结合（图1c）。 二、确定circCFL1与HDAC1存在互作 FISH和IF检测发现circCFL1和HDAC1在细胞核中共定位（图1d）。RNA pull down-WB实验证实circCFL1和HDAC1相互作用（图1e）。 三、确定circCFL1与HDAC1结合的特定区域 首先，基

冬凌草乙素以KEAP1为靶点 一、筛选冬凌草乙素的结合蛋白 冬凌草乙素对HepG2细胞有何作用？合成生物素标记的冬凌草乙素，进行pulldown实验（图1a），银染色分析显示在70 KDa附近存在差异带（图1b-c），随后进行质谱分析鉴定，其中包括KEAP1蛋白（69 KDa）（图1d）。提示冬凌草乙素可能以KEAP1为靶点。 二、PGAM5与KEAP1相互作用 KEAP1蛋白作为重要的调节蛋白，可以通过与其他蛋白相互作用来调节细胞内信号通路。基于此，推测KEAP1可能通过与其他蛋白的相互作

鉴定关键代谢物油酸或别胆酸改变的信号通路 为了探索油酸潜在的机制，对有或无油酸处理的细胞进行转录组测序，通路分析（KEGG和GSEA）发现PI3K/Akt是油酸诱导的最高富集通路（图2a），一致地，油酸处理细胞后增加磷酸化的JAK1、PI3K和AKT的蛋白表达，并且这种上调被ENO1-siRNA或ENO1拮抗剂AP-III-a4逆转（图2b）。在动物模型中，油酸增加PI3K/Akt通路标志蛋白的表达（图2c）。表明油酸与结直肠癌细胞中的ENO1结合，激活致癌PI3K/Akt信号通路。 同样地，对有或

结直肠癌(CRC)是全球癌症死亡的主要原因，研究表明微生物代谢物与结直肠癌密切相关，血液中的微生物代谢在结直肠癌和结直肠腺瘤(CRA)患者中都有显著的变化。然而，目前尚不清楚在腺瘤至腺癌癌变过程中，粪便和血液代谢组是如何改变的，以及血液循环中的代谢物是否会影响CRC的进展。 2024年8月，昆明医科大学第一附属医院团队联合香港中文大学团队、南京医科大学团队等共同在Cancer Cell（IF=48.8）上发表了题为“Integrative plasma and fecal metabolomics id

《J Clin Invest》解读：TRIM56通过泛素化修饰FASN延缓NAFLD进展 非酒精性脂肪性肝病（Non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD）是全球最常见的慢性肝脏疾病。迄今为止，美国或欧洲药品管理局尚未批准任何抗NAFLD药物。因此，亟待深入了解该疾病的发病机制并研发针对NAFLD的靶向治疗药物。 2024年3月，中国科学技术大学翁建平教授团队在Journal of Clinical Investigation（IF=13.3）上发表了题为“TRIM56 protects against nonalcoholic fatty liver disease by promoting the degradation of fatty acid syn

为了深入了解TRIM56调节NAFLD的可能机制，对TRIM56-HepKO肝组织中的TRIM56相互作用组学（BioGrid）和转录组学数据进行综合分析，FASN成为重点候选互作基因（图1a-c）。对TRIM56-KO小鼠肝细胞中TRIM56互作组学和转录组学综合分析得出类似的结果（图1d-e）。Western blot结果显示FASN在原代小鼠肝细胞和过表达TRIM56的人肝细胞系中表达降低（图1f-g）。此外，Trim56-HepKO小鼠的肝组织以及Trim56-KO小鼠的原代肝细胞中FASN以及脂肪酸代谢致病过程中下游脂肪生成级联蛋白的

DCAF7招募USP10去泛素化并稳定G3BP1 STEP 1｜确定DCAF7可与USP10互作 IP-MS线索：USP10被锁定为DCAF7的潜在互作蛋白（去泛素化酶属性+已知与G3BP1互作）。 Co-IP验证：外源性/内源性实验均证实DCAF7与USP10直接结合（图2a-b）。 意义：DCAF7可能招募USP10执行去泛素化功能！ STEP 2｜USP10是G3BP1的“蛋白守护者” 敲低USP10降低G3BP1的蛋白水平，但不影响其mRNA水平； 过表达USP10导致G3BP1蛋白水平升高，但不影响其mRNA水平（图2c-f）。 G3BP1蛋白在usp10敲低细胞中的半衰期明显缩

科研干货｜USP1如何稳定CDK5？ ✨Step1：锁定目标蛋白！ 👉实验方法：IP-MS筛选+UbiBrowser预测 🌟亮点发现：从6个候选蛋白中锁定CDK5！敲低USP1后CDK5蛋白减少但mRNA不变，说明USP1在翻译后调控CDK5（图2b-c） 💡#科研小技巧 蛋白水平变化但基因不变？快查翻译后修饰！ 🤝Step2：USP1与CDK5 相互作用！ 🔍RosettaDock预测互作结构（图2d） ✅实验验证：内外源Co-IP+ GST pulldown三连击（图2e-g） ❗️结论：USP1和CDK5是真互作！ #实验锦囊 互作验证黄金三件套：预测+Co-IP+