两年前的一战，其实他们并没有取得和黑衣组织抗衡的胜利，而是黑衣组织不知因为什么原因本来越来越活跃的身影突然一夜之间全部消失，卧底探员全数归还，可他们就像选择性失忆一样，把黑衣组织的所有事删除的一干二净。
FBI那边明显没料到他们会这样做，所以当FBI察觉黑衣组织有不妥时，他们已经不知所踪了。无奈之下，赤井秀一只好借助警视厅的帮助，在Vermouth家找寻线索，最终也只找到了一个木盒子，里面装着一封写给江户川柯南的信和两颗胶囊，再无其他，所以FBI这边只好结案处理。
赤井秀一把信交给柯南后就离开了，柯南接过信，拆开，纸上只有短短几行字，写道“这就是APTX-4869的解药，既然有了解药，以后别再寻找关于黑衣组织的踪迹了，后会无期”，看完信，柯南和小哀同时一惊，却没有多说什么，各有思索，片刻，小哀拿过胶囊，回到地下室检测是否真的是解药。
一天后，结果出来了，Vermouth并没有骗他们，解药是真的，小哀把解药递给柯南，但柯南并没有接过，他直视小哀的眼睛，“我们还差江户川柯南和灰原哀一个结局”
“不，只是江户川柯南”
“难道你不打算变回来？”
“宫野志保什么都没有了.......”再说灰原哀是江户川的牵绊，而宫野志保对于工藤新一来说什么都不是，小哀按下心里的苦涩，正视柯南。
“这样也许也不错，可是.......我想看看宫野志保是什么样子”尽管最后一句音量明显少好几个分贝，可志保还是听到了，殊不知，一句无心的话，竟是命运改写的开始。
几天后
“柯南，你真的要去美国吗？”女孩泪水汪汪地看着柯南。
“步美别这样”旁边的两个男孩双眼微红，拉了拉步美的衣角。
柯南轻轻地拥着步美，轻声说“我会给你们寄邮件的，别哭了”，指尖轻轻抹去步美眼角的泪珠，转身对旁边的小哀说“走了”
小哀点了点头，柯南就跟着易了容的有希子走向登机口，元太和光彦快步上前，叫住柯南，用着男子汉特有的方式和柯南告别。
几人看着柯南和有希子的背影消失在人群中，终于，一滴热泪划过小哀的脸颊，“江户川，再见了”
分别后，柯南转身走到登机口旁边的卫生间，几分钟后，平成年代的福尔摩斯，回来了…
与此同时，在机场门口正欲离开的少年侦探队们还沉溺在伤感中，包括小哀…
“新一哥哥，你回来了？！”步美在看到迎面走来的少年后惊呼了起来。
“是啊，步美你们怎么在这？”

“柯南他……柯南他和他妈妈回美国了……”声音里难免带着一丝落寞，眼里还泛着泪花。
工藤在步美面前蹲下，轻轻地把步美半揽着，边拍着她的背，边说“别哭别哭，柯南会打电话给你的，不是吗”
步美抬起小手把眼角的泪珠抹去，重重地点了点头，“嗯”
“那我们回去吧”工藤拉起步美的手，把另一只手伸到哀面前。
“我自己走就行”说罢，转身朝停车场走去。
“你这个女人真是……”
“不可爱”
“步美你也这么觉得的吗，喂喂，灰原，步美也觉得你不可爱”
“不是的，是柯南也常常这么说小哀的”
哀回头，瞥了工藤一眼，“一条Pandora”
工藤无奈地扯了扯嘴角，拉着步美向前走去。
等把孩子们一一送回家后，一行三人才回到博士家。
“还是沙发舒服，折腾了半天好累啊”
“大侦探，你现在不应该迫不及待地去看你的天使吗”
“反正我已经变回工藤新一了，不急这一时半会的”
突然一本杂志扔了过来，正好打到工藤脸上，“喂，你这个女人……”
“13页圈起来那条，反正你也不着急陪你的天使，就去把这条手链买了，不然，别想在这里蹭饭”
“这……”工藤只好转身往外走，“我要吃法式料理”
银座的Pandora内
“天，我怎么这么倒霉，不应该得罪那个女人的”工藤边找着手链，边吐槽着，“你好，这条帮我包起来，不得不说，那该***人眼光还是非常不错的”
“先生，您真会挑，是选给女朋友的吗，这条项链和这条手链很搭哦，要不要考虑一下？”
工藤看了一眼，眼中闪过一抹惊艳，“好，一并包起来”
门外，“兰，你快看，那不是工藤吗”

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“哈哈哈哈哈，看来兰很快有礼物收啦”边说着边把毛利拉进店里，“刚刚那个男生买了什么？”
“这，铃木小姐”
“这个女生是刚刚那个男生的女朋友，我们就想提前知道而已”
“刚刚那位先生买了这条手链和项链”
“哇，兰，好漂亮”
“是很漂亮呢，不过好像和这位小姐的气质不太搭”
“怎么会，行了，给我把这边这两条包起来吧，兰走了”
看着她们离去的背影，店员无奈的摇了摇头，经验告诉她是不会看错的，那条手链和项链根本不适合刚刚的那位小姐，看来那位先生要送的是另一个人啊，而且还是心上人呢。
另一边
“诺，你要的手链……”
哀打开一看，笑道“看来工藤同学的审美见长啊”
“什么嘛，我本来审美造诣就很高”
“噢，是嘛，蓝色西装配红色领结的审美是挺高的”
“喂喂，你这个女人……”
“行了行了，去吃饭吧”
“咦，博士呢”
“刚刚接了个电话就急匆匆出去了，多半是他的老同学找他吃肉去了，还想着今天放他一回，可惜了，便宜你了名侦探”
“你说得好像我一点贡献也没有”
“确实没有，所以吃完你刷碗”
“别吧……”
不一会
“灰原，你做的东西比兰做的好多了”

“哈，是嘛，那要不要我给你做明天的便当啊，工藤君”
“真的吗！！！”
“这上面圈的”哀随便抽了一本杂志扔给工藤。
工藤翻了翻，我的天，这个不可爱的女人太恐怖了，我终于知道老爸有多难了。
“怎么样大侦探？”
工藤一咬牙，“deal”
“吃什么”
“可乐饼，炸鸡块，饭团”
“记得洗碗”

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“滴滴滴滴滴滴”哀关掉闹人的闹钟，披起放在床边的外套，便下楼来给工藤做便当。
哀从冰箱拿出食材，熟练地切了起来，“这个家伙真是的，明明他的小女友会给他准备好便当，还要我一大早起来…”嘴上虽然这么说，但是嘴角还是微微扬起，“给大侦探做便当的感觉还不错诶！”
“那之后的便当也拜托你啦~小哀~”
哀猛地抬起头“你…你怎么在这里？”
“拜托我昨晚就没回去睡，洗完碗太晚了一点吧”
“呵，你是想蹭今天早上的早餐吧”
“嘿嘿”工藤脸上微微泛红，右手不自觉地挠了挠头。
哀低头不再看向工藤，“早餐放在桌面上了，你不是要上课吗？”
“噢噢！太久没当高中生，把时间忘记了，哈哈哈”工藤干笑了两声，赶紧坐下吃早餐。
“砰砰砰砰砰砰”“博士！博士！博士！博士！”猛烈地拍门声伴随着毛利兰尖锐的声音一阵阵地传了进来。哀的眉头轻轻地皱了皱，又立即松下来。工藤马上去开了门，“小兰怎么了？”
毛利兰抬眸，一看到门口的是工藤，立马扑进工藤怀里，“呜呜呜，新一，我还以为你又不见了，呜呜呜~”
工藤眼底闪过一丝烦躁，不着痕迹地把毛利兰推开，“我来博士这边吃个早餐啦，对了，小兰你怎么知道我回来了？我没和你说吧？？”
毛利兰拿袖子擦了擦眼角的泪水，“你还好意思说新一！！！你回来不和我说！！！要不是我昨天碰巧看到你我还不知道你回来了！工藤新一你好好给我解释一下！！”
“我刚好处理完外国那边的案件就回来了，还没来得及和你说…”
“好吧，这次就饶了你吧，走吧，去上课了”
“走吧走吧”工藤把剩下的三文治塞进嘴里搭配着余下的牛奶一同吃下，把桌上的便当塞进书包，“走啦小哀”
“我们走啦小哀”说完，满脸笑意地拉着工藤往门外走。
哀看着空荡荡的房子，叹了口气，把餐桌收拾了一下，拿出咖啡豆来磨咖啡来当做早餐。