故事背景：
近未来，七个结晶突然降临地球，之后大量结晶矿脉生长，很快覆盖了地表。
结晶中含有被称为“源力”的未知能源，在当时期待成为代替石油的最新能源。
但是，突然结晶用惊异的速度成长，人类被源力感染后变成“晶骸”。
很快很多地方都被结晶覆盖而荒废，几周内地球有一半都陷入了灾厄。
还活着的人们藏身于各地的避难所，文明的复兴开始了。
同时，忌惮和厌恶源力的人、以及主张利用源力的人，由于不同的信念，人类开始分裂。
结晶到底是怎么出现的？
是天灾，还是别的文明的攻击？
以及我们的命运如何？
这是，被这样的世界翻弄着的，一个少年和少女们的故事。
是那个时候很流行的末世背景，然后少女更加适应作战的设定

序章：血色夏日+第一章：夏日之后
战术装备体验卡，店长带着无瑕艾琳一起迎击突然袭击公主岛的巨大结晶型兵器——魔神兵，无瑕因为憎恶源力所以拒绝穿源力驱动的战术装备，但在店长的要求下还是穿了(美少女变身，但艾琳就要自己换，详见测试服概念图)(话说这段变身无瑕眼睛闪紫光了，是特效绝对是特效吧)，二人凭借战术装备强劲的性能和密切的配合击退魔神兵，但战斗时立足的平台被破坏，情急之下店长驾驶货运平台救下的二人。这就是被称为“血色夏日”的事件。
除了雇佣兵指挥官的任务，店长还在平静地经营一家咖啡馆（这也是店长这个称呼的由来），战场的少女们作为店员。但其实店长在背后默默调查自己的身世——原来店长是经过ONI项目死而复生的人，两名少女是派来监视他的，但相处过程中渐渐倾向支持店长(比如帮店长把风)，而且在店长行为暴露后还会深深地自责。店长坚持查明的理由是：(如图)就凭这主角直接吸引我继续看下去

之前的袭击将新型机甲XR-87埋在了废墟里，店长接到任务将其带出来，但是快要到手的机甲突然(被人驾驶)飞了！店长必须先解决这个麻烦，最后决定直接打下来。（话说我以前一直以为里面的人是伊珂丝，因为打完了送一张伊珂丝的白卡嘛，结果看到后面才知道是…！）
这时因为调查行为败露，奈乐被派来带走店长，店长用交情和个人魅力让奈乐答应他处理完这件事再走
然后这里有个教学，就是喂战场数据库升级，奈乐看出来这就是那个偷来的数据库所以还特意检查了，这个后面要考
在战斗中店长提出跟艾琳约一次会(实际新手教学！)，虽然店长本来想邀请无瑕但临门一脚还是怂了，邀请了艾琳(这就是未来后宫王的余裕吗可恶)，但是艾琳看出了店长和无瑕互相有意思，为了店长和无瑕而主动牵线，但是店长和无瑕一顿分析以为艾琳是在整蛊他俩，所以就这么玩下去了，从此以后海边夕阳成了无瑕永远的痛
终于到了出发的日子，虽然也不是回不来了，但这里的氛围做的真的很不错，其实如果店长不是大小姐的关系者，估计这事没那么简单就完事的，而且店长从容就范也有保护两个少女的意思，让上头不再追两个少女的责任
以及最后的私信：
“约会的事情，可以哦”
“谢谢你们”

之前主线其实看到第5章了，但因为没写下来就都忘了，现在重新看吧
双生的主线是比较传统的二游结构，每章基本属于单元剧，需要完成一次作战，需要介绍新出场人物或各个势力，需要介绍新游戏系统，在此基础上再加入真主线和每个人物的塑造和表现，属于稳扎稳打的结构，同时因为本来就是作战小队所以每个小节都能安排战斗（玩骑士假面的时候就感觉哪里不对，原来是战斗太少了）
第一章已介绍人物：可可 奈乐 艾琳 无瑕 （伊珂丝就露个脸，主要在第二章）

第二章：封锁区作战
店长终于回到咖啡馆，同时还有一位前作人物桐子作为情报官给店长发布任务：因为第一章的机甲事件导致一处实验设施受损，里面的实验体出逃，所以店长小队被派去回收或者处理掉实验体。但是布置任务的时候伊珂丝一直躲在旁边偷听，听到可以处理的时候憋不住了。后来在作战中得知，实验体里面有个很厉害的名叫尼德霍格，伊珂丝一直做研究致力于让他恢复人类状态，虽然现在外表已经变回普通小孩模样，但过程非常痛苦，所以尼德霍格在听说要回去后就暴走变成怪物，不得已小队只能应战，最后虽然伊珂丝竭力想保下这个跟自己一样经历的实验体，但尼德霍格还是自愿接受了死亡。

本章算伊珂丝的个人章（以为后面会每人一章但好像也没严格遵守），简单介绍了这个天才小恶魔女孩不为人知的过去，本章也引入了新势力：武器公司JUDAS（这名字不吉利啊）以及两个前作少女：千姬和朱诺，两人看到店长一眼就懂了怎么回事（只有店长傻傻不明白），朱诺的合作伙伴凯瑟琳也出场，以及按教程打完悬赏战斗后出现前作人物罗真（你跟我说这是前作那个红唇铁球头？）

第三章∶地狱苍穹始动
本章新出场势力：地球统合联盟、荒野旅团、结构研究所
新少女∶无忧、丽达、格兰妮

讲述的是第二章3个月后，洛氏准备配合联盟jun共同攻克东亚3块Solomon结晶，但店长被可可强行按头待在咖啡馆不能出战，这种危险而重要的战役店长根本坐不住，于是心生一计，将无忧和丽达两个新兵绑上贼船，跟随货运机来到前线。（危险行为，请勿模仿）
到了阵地，当然少不了一众少女的埋怨，尤其是可可（乐）。本来要与当地活动的团体荒野旅团交换情报，但是派来交接的队伍全灭，只剩一个叫塞西莉娅的女性，情报装置也损坏，还好可可与学姐的JUDAS情报机构合作获得了情报。
结构研究所趁此机会测试研制的生物兵器，但是还没等接近Solomon晶体，晶体就活性化产生魔神兵，店长等人不得不优先迎击魔神兵。还好有公主岛的经验，成功击退魔神兵，但这是受到了什么刺激才会活性化的呢？
丽达还遇到了联盟jun阵地里曾经照顾过自己的护士格兰妮，但是联盟军和生物部队仓皇撤退后，格兰妮也被抛弃在战场上。原来生物兵器和没有正式编制的格兰妮她们都预定为用完即弃的消耗品，于是店长反其道而行之，伪造失踪名单，直接保下了格兰妮，咖啡馆店员+1
最后的结果是POINT-2的SOLOMON成功摧毁，但这次战役中的敌人都是杂兵中的杂兵，真正强大的敌人尚未现身……